В хода на Априлското въстание църквата „Света Неделя“ била последната крепост на разбунтувалите се батачани. Почти едновременно с разрушаването на училището, башибозуците започнали да издълбават дупки в оградата на църковния двор и да стрелят по всички там, убивали всеки който се опитал да избяга. Най-ужасната част от клането в Батак се състояла през нощта на 2 срещу 3 май в църквата „Света Неделя“ и двора и.
Днес се навършват 144 години от клането в църквата “Света Неделя” в Батак.
На сутринта на 3 май, башибозукът успял да проникне в двора на църквата и да избие хората в него, но входната вратата на храма не поддала, тъй като била „задръстена“ от хората които се намирали в църквата.
Защитата на църквата продължила три дена, престрелките в селото не преставали, за да принудят батачани да се предадат, врагът пускал пълни с пчели кошери и запалена слама с газ в църквата, много от хората загинали заради недостиг на кислород.
Някои от нападателите се опитали да проникнат в църквата от покрива, но без особен успех, макар да постигнали няколко изстрела срещу барикадираните вътре.
В църквата нямало вода, затова барикадираните използвали зехтина от кандилата и кръвта на изкланите. Копали с голи ръце, за да намерят подпочвена вода.
На третия ден, все още оцелелите решили да излязат навън, след като разбрали, че вътре са обречени. Когато отворили портите на църквата Ахмед ага Барутанлията чакал отвън с башибозуците си. Започнало безпощадно клане, само тези, които склонили да приемат исляма останали живи а останалите били обезглавени. Ахмед ага целял да насели отново Батак с потурчените от него българи, но те се оказали недостатъчно.
