В края на октомври 2018 г. Харалампиев бе арестуван след разследване на корупционна схема за незаконно издаване на удостоверение за българско гражданство, а при спецакцията в агенцията бяха задържани общо над 20 души. Обвиняемите обаче бяха редуцирани до четирима, а от тях само Харалампиев и секретарят на агенцията Красимир Томов бяха задържани под стража.
В края на миналия месец спецсъдът остави в ареста бившия шеф на ДАБЧ, след като той за първи път поиска по-лека мярка за неотклонение.