Стево Пендаровски е роден в Скопие през 1963 година. Завършва „Право“ в Скопския университет през 1987 година. Зяавършва магистратура в Института за социологически и политико-правни изследвания към същия университет. Там защитава докторат на тема „Външна политика и политика по сигурност на ЕС и малките държави: Рамката на националния дискурс“. По-късно става доцент в Университета „Американ колидж“ в Скопие.
В момента Стево Пендаровски е национален координатор на Република Северна Македония за НАТО
През 1998–2001 е ръководител на Аналитично-изследователското управление на министерството на вътрешните работи и помощник на министъра по въпросите за връзки с обществеността. През 2001-2004 и 2005-2009 е съветник по национална сигурност и външна политика на двама различни президенти – Борис Трайковски и Бранко Цървенковски, а междувременно през 2004-2005 е председател на Държавната изборна комисия.
През 2008 – 2014 г. работи в Университета „Американ колидж“ в Скопие, където преподава международна сигурност, глобализация, световната политика и САЩ, международни организации и институции, външна политика, тероризъм.[1] Автор е на редица книги и трудове, публикувани в Република Северна Македония и в чужбина
На 27 февруари е определен и на 4 март 2014 г. е избран от опозиционната партия СДСМ като неин президентски кандидат.[1] На двата тура на президентските избори през април 2014 печели съответно 37,5 % и 41,1% от гласовете. Придържайки се към становището на СДСМ, Пендаровски не признава изборните резултати.