Прякото сътрудничество ще обхване следните области: първична и специализирана медицинска помощ; профилактика на болестите; превенция и контрол на СПИН и полово предавани болести; околна среда и здраве; държавна лекарствена политика; епидемиологичен надзор на заразните и паразитните болести; нормативни актове в областта на здравеопазването; организация на медицинското осигуряване при извънредни ситуации и други.
С подписването на Плана ще бъде насърчено и сътрудничеството между български и македонски болнични заведения, научни институти, учебни заведения в сферата на медицинската наука, както и обменът на кадри и оказване на помощ на Република Македония в нейната подготовка за членство в Европейския съюз.