РЕЦ за ЦИЕ е основана като организация с идеална цел с международен характер през 1990 г. България е подписала хартата за регионалния екологичен център въз основа на протоколно Решение по т. 18 от Протокол № 39 от заседанието на Министерски съвет на 13 юни 1996 г.
Поради задълбочилите се финансови проблеми на организацията през последните няколко години, довели до неизбежна финансова несъстоятелност, на 25 януари 2019 г. е проведена извънредна среща на страните, подписали Хартата на РЕЦ за ЦИЕ, на която е взето решение да се премине към прилагане на чл. 7.2. от Хартата от 2011 г., отнасящ се за прекратяване на дейността на организацията.