Според медии отвъд Океана Том Круз не е виждал от години дъщеря си Сури, която е вече на 12. Бившата му съпруга Кейти Холмс и майка на единственото му биологично дете успя да се разведе с него през 2012, скъсвайки всякакви отношения с Църквата на Сциентолозите, към която Круз я привлече и заради която всъщност двамата се разделиха.

Бракът им продължи шест години, а Кейти получи пълни попечителски права. Съдът даде право на Том Круз да вижда дъщеря си десет дни в месеца, но той "предпочитал да не се вижда с нея, понеже не членувала в редовете на сциентолозите".

Сектата винаги е изолирала последователите си от близките и членовете на семействата им, които не са част от тяхната религия. Там принципът е "разделяй и владей". Именно под тяхно влияние Том Круз е прекратил всякакви контакти с Кейти Холмс, а покрай нея и с дъщеря си, коментират близки до него. За последно Круз и Сури бяха заснети заедно през 2013 г. 

Той има още две деца, които осинови по време на брака си с Никол Кидман. И двете са част от Сциентолозите и са напълно откъснати от Кидман.