Баташкото клане е най-драматичното събитие в българската история. То е извършено от османски башибозук от съседните помашки села под прякото командване на Ахмед ага Барутанлията. След клането той е осъден и изпратен на заточение в Диарбекир, но по-късно е помилван от султан Абдул Хамид II. Според различни източници, в селото са избити между 1400 и 5000 души. Сред тях са мъже, жени и деца.
В хода на въстанието църквата „Света Неделя“ се превръща в последната крепост на разбунтувалите се жители на Батак. След разрушаването на училището башибозуците започнали да издълбават дупки в оградата на църковния двор и да стрелят по всички вътре, като убивали всеки, който се опитал да избяга. Най- ужасната част от клането в Батак е през нощта на 2 срещу 3 май в църквата „Света Неделя“ и двора .
На сутринта на 3 май башибозукът успял да проникне в двора на църквата и да избие хората в него, но входната врата на храма не поддала, тъй като била „залостена“ от хората в храма.
Защитата на църквата продължила три дни. За да принудят жителите на Батак да се предадат, врагът пускал пълни с пчели кошери и запалена слама с газ. Много от хората в църквата загинали заради недостиг на кислород. Поради липсата на вода майки копали с голи ръце, за да намерят подпочвена вода. Барикадиралите се вътре използвали зехтина от кандилата и кръвта на изкланите.
На третия ден все още оцелелите решили да излязат навън, след като разбрали, че вътре са обречени. Когато отворили портите на църквата, Ахмед ага Барутанлията чакал отвън с башибозуците си. Започнало безпощадно клане, само тези, които склонили да приемат исляма, останали живи, а останалите били обезглавени.
Кървавият и варварски акт кара дори и Европа да настръхне. Съчинението на Робърт Джаспър Мор „Под Балкана“, заедно с репортажите на Макгахан във вестник „Дейли Нюз“, са един от ценните извори на сведения за бунтовната 1876 година.
