Медицински университет – Пловдив е на трето място по индекс на цитируемост сред всичките 52 висши училища в страната според данните от Рейтинговата система на висшите училища за 2020 г. Този h-индекс се отнася за научните документи, публикувани в рамките на 5-годишния период 2015-2019 г. На първо място с най-висок h-индекс, равен на 68 според международната база Scopus и 65 според международната база Web of Science, е СУ „Св. Климент Охридски“, последван от  МУ – София.

Индексът на цитируемост или h-индекс е измерител за качеството и количеството на научната дейност на научните организации (напр. научни центрове, университети и др.), както и на отделни учени. Ако дадено висше училище има h-индекс, равен на 10, това означава, че сред научните публикации на това висше училище има 10 научни публикации, всяка от които е цитирана поне 10 пъти.